Existe una enorme biodiversidad faunística en el Mar Menor, desde poríferos (esponjas) y cnidarios (anémonas y medusas) hasta moluscos, crustáceos, equinodermos y peces. Uno de los grupos de animales más notables en este ecosistema único es el de los moluscos y crustáceos, algunos son de gran importancia en las cadenas tróficas o como recursos pesqueros. 

La diversidad de peces dentro de la laguna salada del Mar Menor es sobresaliente. Los podemos encontrar en todos los ambientes que proporciona este ecosistema y a distintas profundidades. Los peces son un elemento de gran importancia dentro del ecosistema lagunar, sus funciones van desde ser alimento a otras criaturas hasta ser ellos mismos cazadores o agentes limpiadores de la laguna.