A sus indudables valores zoológicos se suman valores botánicos, pues algas y fanerógamas forman un importante ecosistema y son de vital importancia para muchas especies marinas como moluscos, crustáceos, equinodermos, gusanos o peces, que encuentran aquí un lugar idóneo para vivir y cerrar sus ciclo vitales. Todo ello es fruto de la gran variedad de hábitats distintos que rodean la laguna, dotada de especies exclusivas y emblemáticas como las fanerógamas, un grupo vegetal vital para el óptimo funcionamiento del ecosistema lagunar. Además La vegetación bentónica es clave para el control de los aportes antrópicos de nutrientes en la laguna y, por tanto, de la calidad de sus aguas.