Cymodocea nodosa pertenece al filo Spermatophyta, subfilo Angiospermae, clase Liliopsida, orden Najadales y familia Cymodoceaceae. La mayoría de fanerógamas marinas están constituidas por un tallo rastrero más o menos subterráneo denominado rizoma, del que parte el sistema de raíces y hojas. Son generalmente plantas dioicas y sus flores son pequeñas, simples y adaptadas a la polinización bajo el agua (hidrogamia). El polen es muy largo, casi filamentoso y es capaz de nadar. Las angiospermas marinas presentan una organización externa, donde se pueden distinguir raíz, tallo, hojas, flores y frutos con semillas; tienen porte herbáceo y sus hojas suelen ser muy largas, estrechas y flexibles.

Cymodocea nodosa es una planta herbácea formada por raíces, tallo, hojas, flores y frutos. El tallo es de tipo rizoma y se encuentra bajo el sedimento. Las hojas pueden medir entre 15 y 40 cm de largo y 3 – 4 mm de ancho; son acintadas y estrechas, con el ápice redondeado y el margen finamente denticulado, presentan de 7 a 9 nervios paralelos y están agrupadas en haces. Es una planta dioica con flores pequeñas, solitarias y difíciles de ver entre las largas hojas. Los frutos pueden llegar a medir 0,8 cm y son redondeados, comprimidos lateralmente y con un corto pico. Esta fanerógama es de color verde claro a oscuro.