El Mar Menor es un Humedal de Importancia Internacional (HII), conforme al Convenio sobre Humedales de Importancia Internacional  (Convenio Ramsar), y es Zona Especialmente Protegida de Importancia para el Mediterráneo (ZEPIM) incluida en el lugar denominado “Área del Mar Menor y Zona Oriental mediterránea de la costa de la Región de Murcia”.

“El Mar Menor y sus humedales asociados” son también Área de Protección de Fauna Silvestre, y una vez más la laguna es Zona Especial de Conservación, con 3 hábitats marinos y 9 terrestres de interés comunitario.