El chaparrudo pertenece al filo Chordata, clase Osteichthyes, orden Perciformes y familia Gobiidae. Esta familia presenta un cuerpo alargado, cilíndrico, estilizado y robusto. La cabeza es grande, redondeada y algo deprimida. Los ojos son saltones y están en posición dorsolateral. La boca es grande con labios prominentes y carnosos y está armada con numerosos dientes. Carecen de línea lateral, pero tienen en la cabeza unos canales pertenecientes a este mismo sistema sensorial. Tienen dos aletas dorsales separadas, siendo la primera más corta que la segunda, las aletas pectorales son grandes, la aleta anal es larga y la caudal es redondeada, las aletas ventrales se encuentran soldadas entre sí por una membrana, llamada frenum, formando un disco, lo cual es un claro ejemplo de adaptación a la vida bentónica.

El chaparrudo es un gobio de gran tamaño que puede alcanzar hasta 15 cm de longitud aunque es más normal observar individuos de 10 o 12 cm. La cabeza es grande y redondeada. La boca es prominente, con labios carnosos y armada con numerosos dientes pequeños y los ojos son grandes. Presenta escamas en la región de la nuca y, con función de protección, todo su cuerpo esta cubierto por una mucosidad. Su coloración es variable y depende del estado de ánimo y de la época en que se observe. Los machos viejos y los dispuestos para la reproducción tienen un color negro azulado por todo su cuerpo, mientras que los jóvenes y las hembras presentan tonalidades pardas, con manchas y pintas laterales más oscuras.