Carcinus aestuarii tiene un tamaño de casi 6 cm de longitud. Presenta en la frente tres lóbulos proyectados hacia delante. El caparazón es hexagonal liso o casi liso, un poco más ancho que largo y ligeramente abombado. El borde anterior del caparazón tiene una serie de 5 dientes puntiagudos, estando el último dirigido hacia fuera. Los quelípedos o pinzas son ligeramente diferentes y no presentan ni quillas ni espinas. El primer pleópodo del macho es rectilíneo. La frente y los bordes laterales se encuentran cubiertos de pequeños pelos. El color de esta especie va del castaño verdoso al verde oliva.