Gobius paganellus pertenece al filo Chordata, clase Osteichthyes, Orden Perciformes y familia Gobiidae. Esta familia presenta un cuerpo alargado, cilíndrico, estilizado y robusto. La cabeza es grande, redondeada y algo deprimida. Los ojos son saltones y están en posición dorsolateral. La boca es grande con labios prominentes y carnosos y está armada con numerosos dientes. Carecen de línea lateral, pero tienen en la cabeza unos canales pertenecientes a este mismo sistema sensorial. Tienen dos aletas dorsales separadas, siendo la primera más corta que la segunda, las aletas pectorales son grandes, la aleta anal es larga y la caudal es redondeada, las aletas ventrales se encuentran soldadas entre sí por una membrana, llamada frenum, formando un disco, lo cual es un claro ejemplo de adaptación a la vida bentónica.

El bobi presenta los ojos prominentes y saltones. La nuca está cubierta de escamas. La primera aleta dorsal es bastante corta en relación con la segunda, la anal es larga y las ventrales se encuentran soldadas entre sí formando una especie de ventosa ideal para fijarse en el fondo. La aleta caudal es redondeada. Puede llegar a medir hasta 12 cm, aunque es más común encontrar ejemplares entre 8 y 10 cm. Presenta un penacho de radios filamentosos en la parte superior de la aleta pectoral, y la primera aleta dorsal bordeada de una banda naranja o amarillenta. Su coloración es muy variable, de beige a pardusco o amarillento, con numerosas manchas oscuras. Los machos en época de reproducción presentan una coloración negruzca, y los juveniles una mancha púrpura en la parte posterior de la primera dorsal.