Aiptasia diaphana pertenece al filo Cnidaria, clase Anthozoa, subclase Hexacorallia, orden Actinaria y familia Aiptasiidae. Este orden se caracteriza por poseer células urticantes denominadas cnidos, carecer de esqueleto y sus tentáculos no suelen tener acrosferas. La familia Aiptasiidae se caracteriza por presentar una columna sin diferenciar y una pared corporal lisa, 6 pares de mesenterios completos y acontios. Suelen presentar colores y dibujos muy desarrollados.

La anémona de mar parda presenta un disco pedio de hasta 30 mm de diámetro, una columna cilíndrica de hasta 40 mm de alto y un disco oral de hasta 20 mm de diámetro. Su pared corporal es lisa. Presenta hasta 160 tentáculos, aunque en ejemplares adultos el número suele variar entre 80 y 96. Los tentáculos acaban en punta. El cuerpo es de color muy variable (estacional) debido a las zooxantelas, puede ser entre blanco – hialino y amarillo – rojizo hasta pardo – verdoso y gris – verdoso; los tentáculos suelen ser de color gris – parduzco translúcidos con un moteado variable.