También se constató que la situación de bajada de salinidad que vivió la laguna favoreció la entrada del protozoo parásito de la nacra, llamado Haplosporidium pinnae, causante de la casi total extinción de este molusco en el Mediterráneo, y que llevó a declarar a la especie como en peligro crítico de extinción. En diciembre de 2019, diversos ejemplares de nacras analizados dieron positivo para el protozoo, evidenciándose la presencia de este parásito en la laguna. Por este motivo se hizo prioritario y urgente actuar cuanto antes extrayendo ejemplares sanos suficientes para intentar su cría en cautividad, así como extaer ejemplares afectados para aislarlos y tratar de observar la evolución de la enfermedad y posibles soluciones a la misma. También se previó la instalación de sistemas de vigilancia y control de las poblaciones de nacras que persisten en el Mar Menor.

Una de las medidas acordadas en el Consejo de Gobierno de la Región de Murcia, de 7 de noviembre de 2019, fue la de la creación de un banco de especies en peligro de extinción o singulares del Mar Menor, que estará compuesto por cuatro acuarios para la conservación de especies protegidas (signátidos y nacras), conservaciones de especies singulares y amenazadas (fartet y gobio), cultivos auxiliares y un área de reproducción. Todo ello contará con un tanque y sistema de filtrado, iluminación, sistemas ultravioletas, monitorización y control de alimentación. Así mismo se acordó la protección de las colonias de nacras en el Mar Menor mediante instalación de sondas de control y cámaras de vigilancia para evitar el vandalismo.

Con este proyecto además se persigue la conservación y recuperación de la Pinna nobilis (nacra), mediante su cría en cautividad, y su posterior reintroducción en el Mar Menor.